FASTA formaat

FASTA formaat
Failinimelaiendid	.fasta, .fas, .fa, .fna, .ffn, .faa, .mpfa, .frn
Arendajad	David J. Lipman ; William R. Pearson
Avaldatud	1985
Valdkond	Bioinformaatika
Laiendatud versioon	FASTQ formaat
veebileht	www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml

Bioinformaatikas on FASTA tekstipõhine formaat, milles nukleotiidide või aminohapete järjestused esitatakse nendele vastavate ühetäheliste koodide järjestusena. FASTA formaadis järjestus algab ühe kirjeldava koodireaga millele järgnevad read järjestuseandmetega. ^[1] FASTA formaat võimaldab lisada järjestusele täpsustavaid identifikaatoreid. ^[2]

FASTA formaat loodi David J. Lipman ja William R. Pearson’i arendatud FASTA tarkvarapaketi raames, mida kirjeldati esimest korda 1985. aastal.^[3] Sellel põhjusel nimetatakse FASTA formaati alternatiivselt ka Pearson’i formaadiks.

↑ "FASTA format". zhanggroup.org. Vaadatud 8. jaanuaril 2024.
↑ "Query Input and database selection — BlastTopics 0.1.1 documentation". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Vaadatud 8. jaanuaril 2024.
↑ Lipman, David J.; Pearson, William R. (22. märts 1985). "Rapid and Sensitive Protein Similarity Searches". Science (inglise). 227 (4693): 1435–1441. DOI:10.1126/science.2983426. ISSN 0036-8075.

[1] "FASTA format". zhanggroup.org. Vaadatud 8. jaanuaril 2024.

[:0-2] "Query Input and database selection — BlastTopics 0.1.1 documentation". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Vaadatud 8. jaanuaril 2024.

[3] Lipman, David J.; Pearson, William R. (22. märts 1985). "Rapid and Sensitive Protein Similarity Searches". Science (inglise). 227 (4693): 1435–1441. DOI:10.1126/science.2983426. ISSN 0036-8075.

[1]

[2]

[3]